Для начала нужно найти файл sftp-serverwhereis sftp-server
В ответ терминал выдаст примерно что-то следующее
sftp-server: /usr/lib/sftp-server /usr/share/man/man8/sftp-server.8.gz
Запоминаем путь /usr/lib/sftp-server (вместо него может быть другой, зависит от дистрибутива), и переходим к редактированию конфигаsudo nano /etc/sudoers
В самом конце файла, с новой строки пишем:ВАШЛОГИН ALL=NOPASSWD:/usr/lib/sftp-server
Где ВАШЛОГИН — это логин пользователя, который должен работать с рут правами, а /usr/lib/sftp-server — это путь, который мы узнали выше с помощью команды whereis
Если нужно добавить больше, чем одного пользователя, то просто с новой строки повторяем написаное выше.
Теперь осталось дело за малым — отконфигурировать WinSCP. Открываем свойства соединения, в пункте «Протокол передачи» обязательно выставляем SFTP.sudo /usr/lib/sftp-server

Сохраняем и пользуемся WinSCP с полным рут доступом ко всем файлам в системе.